Mediante la Bula Papal de Clemente VIII se obtiene el permiso en el año de 1596 y Cédula del rey Felipe II en 1598, iniciándose la investigación correspondiente por parte del Virrey Gaspar Zúñiga y Acevedo sobre el terreno donde se fundaría el convento y de donde saldrían los recursos para la manutención de sus habitantes.
Hay documentos en el Archivo General de la Nación que señalan que saldrían de una donación de 5000 pesos oro común al año, garantizados por la producción del ingenio Amilpas en Cuautla, propiedad de los marqueses.
El templo se termina en 1599; año en que Inés Velasco muere, y ahí es enterrada. La fundación del Convento de Nuestra Madre Santa Inés se efectúa el 17 de septiembre del año 1600, habiendo tenido 33 lugares disponibles, uno por cada año de la vida de Jesucristo dotándose de sirvientes para todos los quehaceres.
Los servicios en el Convento iniciaron unos meses antes de la inauguración con cuatro monjas concepcionistas que renunciaron a sus dotes y se comprometieron a nunca regresar al convento que dejaban.
Las monjas además de enseñar la oración, la educación de los niños en quehaceres domésticos, elaboraron productos que se hicieron famosos como las velas benditas el día de San José, los polvos purgantes y un agua para el mal de ojo.
Al principio del siglo XVIII el convento necesitó una primera reparación debido a las constantes inundaciones que sufría la ciudad. Así es que fue reparado y posteriormente ornamentado con pinturas del artista mexicano José de Ibarra.
El conjunto conventual estaba formado por la Iglesia y tres claustros de dos niveles cada uno. En la planta baja, se ubicaba la sala de visitas y la sala de profundis y en la parte superior los dormitorios y biblioteca.
Los confesionarios que aún existen, constaban del mismo en la iglesia empotrados a la pared lateral del claustro y allí se ubican unas celosías desde las cuales y sin salir a la calle, las monjas se confesaban.
A fines del mismo siglo hubo que hacer reparaciones mayores pues un taller de carrocería y herraduría que fue construido junto, lo afectó a tal punto que casi se derrumba y como lo que el virreinato subsidiaba no cubría las reparaciones, les dio permiso para el disfrute de una rifa de billetes de la lotería. Manuel Tolsá dio el dictamen de reedificación y posiblemente también ejecución, por lo que se hizo llamar “El arquitecto del Convento de Santa Inés y sus fincas urbanas”. Así es que su claustro y fachada se reconstruyeron con el estilo neoclásico en boga.
En 1816 fue su reapertura y las monjas que ingresaron ya lo hicieron con dote ya que también hubo desfalco por parte del administrador y ya no se pudo seguir con el mantenimiento de sus habitantes.
En 1861 la expropiación de los bienes eclesiásticos hizo sufrir un cambio definitivo en el convento, solamente había 17 monjas que fueron trasladadas al Convento de Santa Teresa la Nueva y fueron enclaustradas completamente en 1863. En el segundo imperio volvieron a su edificio pero a la muerte de Maximiliano fueron obligadas a desocupar el inmueble definitivamente.
Después fue dividido y vendido a particulares y sus claustros convertidos en vecindades. Fue declarado Monumento Histórico en 1932 siguiendo ocupado hasta 1967 en que fue usado para el comercio de trapo y tela.
Con las exploraciones arqueológicas para la remodelación después del temblor se lograron el nivel de piso de la fundación en el siglo XVII en el área de pasillos y escalera a una profundidad de 1.80 m por debajo del actual y también quedaron al descubierto parte de las columnas originales, así como las losetas de piedra del mismo siglo.
Siguiendo las excavaciones fue localizada una fuente de agua en la parte central en el patio del claustro, de forma hexagonal con tres adaptaciones e igual número de tomas de agua provenientes de la calle alimentadas por tubería de plomo de 7 centímetros de diámetro.
Debajo de la fuente se localizó un piso de losetas de cantera rosa a 2.65 m de profundidad y sobre estas se localizaron restos de muros de mampostería y la base cuadrada de una columna de cantera.
Estos son vestigios de las casas que existían con antelación a la fundación del convento. También dentro del patio fueron encontrados arriates redondos y ovalados con muros de poca altura que contenían raíces de árboles.
El proyecto de restauración terminó en 1988 dejando un tiempo para la museografía del Museo José Luis Cuevas. Muchos de los vestigios encontrados fueron tapados como la fuente del patio que actualmente se encuentra a los pies de la Giganta.
Lo mas interesante de los hallazgos que se localizaron a 0.60 m de profundidad fue una variedad de azulejos de unos 45 tipos, de alguna remodelación del siglo XIX.
Algunos vestigios permitieron conocer el esplendor del edificio como es el caso de la pintura mural con muestras de diseño en color rojo, negro y azul que se puede observar bajo la escalera y un medallón del pasillo poniente.
Algunos vestigios permitieron conocer el esplendor del edificio como es el caso de la pintura mural con muestras de diseño en color rojo, negro y azul que se puede observar bajo la escalera y un medallón del pasillo poniente.
